Estados Unidos tiene presencia militar en dos de cada tres países de todo el mundo. Para las Naciones disidentes eso no es aceptable y han lanzado un ultimátum de terror: la Lista Negra, una cuenta atrás para una serie de ataques en escala contra intereses estadounidenses. Sam Fisher es el líder del recién formado 4th Echelon: una unidad clandestina que solo responde ante el presidente de EE.UU. Sam y su equipo deben dar caza a los terroristas por cualquier medio, y detener la cuenta atrás de la Lista Negra antes de que llegue a cero.